近年来，日本认识到，围绕知识创新，日本与欧美各国、中国、韩国等国家的竞争将越发激烈。在21世纪，只有在技术创新上胜出的国家，才可充分享受到经济的繁荣。因此，日本在制定第三期科学技术基本计划时，充分考虑到了世界主要国家的科技政策。

该计划于2006年开始执行，预计未来5年中政府对科技的投入为27万亿日元。该计划对日本的科技战略、科技发展走向以及经济建设有极其重要的指导意义。计划提出了国家层面的科技发展三理念：通过创造知识、运用知识为世界做贡献（指通过科学研究创造出新知识，并运用这些新知识解决面临的各类问题。同时通过将这些知识向世界传播、解决人类共同面对的问题，提高世界各国对日本的依存程度）；具有国际竞争力、可持续发展的国家（指通过创造高附加值的物品或服务、切实保证就业机会来提高日本以产业技术能力为代表的国际竞争力，通过保证持续发展提高国民生活水平）；安全、稳定、生活质量高水平的国家（指维护老龄社会中的国民健康水平，减少灾害造成的损失，稳定供给食品、能源，协调地球环境与经济活动的关系，维持稳定的国际关系）。

第三期基本计划还规划了日本科技发展的四个基础研究重点领域：生命科学、纳米技术与材料、信息通讯、环境及其复合学科。

这四个重点领域以及重点学科的研发工作具有极高的波及效果。计划提出：对于那些将来有可能大幅度发展、有很强应用前景的学科要进行机动性资源分配、通过不断修正重点领域范围，把真正重要的学科切实囊括进来。另外，根据社会需要进行科研命题，积极谋求不同学科的融合，从基础阶段研究开始促进新学科的形成。并提出，基础研究项目需要从长期支持的角度推动处于萌芽阶段的、百花齐放式的研究工作。要用举国之力培育、维护“多样性温床”。许多优秀研究项目都是以个人或小型研究团队为主的研究。对于此类研究需要靠竞争性资金进行优先性、重点性资助。

预计到2007年，日本的人口总数开始趋于减少。而世界经济一体化不断深化，围绕人才、技术等知识资产展开的国际竞争也会越来越激烈。因此，日本要努力保证科技人才的质量。对策包括：给予研究资历不足但具有发展潜力的优秀年轻研究人员以崭露头角的机会；让优秀科学家退休后继续发挥余热；重视高级技工的培养教育等。

第三期计划还提及加强科技界与经济界乃至行政部门之间的合作，加大成果转化、知识产权管理、占领标准化高地等方面的工作力度。建立“科技为社会服务，社会需要科技”的双向信息交互体制等。